阿米巴組織劃分，必須先拋開“行政組織架構”的故有觀念。阿米巴組織架構比行政組織架構更有效率。
阿米巴組織與通常的行政組織架構不同，由於阿米巴組織實施獨立核算，成本和盈利意識極強，很容易迅速成長起來。
阿米巴組織與通常的行政組織架構相比，阿米巴組織的規模普遍較小，因而靈活多變，不用擔心朝令夕改的命令會傷筋動骨。
中國企業規模普遍較小，組織形態與阿米巴組織有著極大的相似性，非常適宜於引入阿米巴經營模式。
阿米巴組織劃分必須拋開“行政組織架構”的固有觀念。每個阿米巴組織都應該為“利潤”負責，而不是只對“動作”負責，只有將經營壓力釋放到每個阿米巴組織之中，才能真正培養具有經營意識的人才。
阿米巴組織與通常的行政組織架構不同，由於阿米巴組織實施獨立核算，成本和盈利意識極強，很容易迅速成長起來。那些極為優秀的阿米巴組織，經過經營實踐的檢驗後，就可能發展成為獨立部門，甚至成為一種嶄新的事業組織。因此，企業CEO的作用就是合理安排好組織的變革，並且在組織中起到全面的協調作用。
在傳統職能式的企業管理模式下，層級式的企業組織結構一旦確定，就會在長時間內保持不變。由於在這種組織結構中，人與人，人與角色之間的關係是確定的，即下級向上級匯報工作，上級向下級發布行政命令，每個職能部門有確定的崗位職責，部門內員工的工作重複且單一，因此對應的組織結構模型穩定且僵化。
有一家企業主要採用功能型組織結構，該公司有下列職能，如：生產部、銷售部、市場部、財務部、研究與發展部、人力資源部等。各部門獨立性很小，均由企業高層領導直接進行管理，即企業實行集中控制和統一指揮。這種傳統的組織結構，其優點是直線管理，一級對一級負責，責權分明，機制簡化，號令統一，便於統一管理，提高了內部專業化程度。同時這種組織結構使得決策權掌握在高層管理者的手中。
但是，當企業外部環境發生了很大的變化，如原有市場利潤率出現下降等，同時企業規模不斷擴大，使這種組織結構的缺陷日漸暴露：高層領導們由於陷入了日常生產經營活動，高層負擔較重，缺乏精力考慮長遠的戰略發展。且行政機構越來越龐大，各個部門橫向聯繫薄弱，各部門協調越來越難，而造成信息和管理成本上升。並且導致各個職能的成員注重部門目標而不是企業的整體目標。若溝通不利則導致部門間的矛盾，並使工作效率受到影響。
阿米巴組織劃分需要遵循“能夠獨立完成一道工序並創造市場價值”這一原則，即能夠做到：“服務企業戰略、最大限度劃小、獨立核算、獨立完成業務、責權利一致性”，把企業整體劃分為一個個能夠自主經營、獨立核算、自負盈虧的阿米巴組織。
阿米巴組織是以工作流程為中心而不是部門職能來構建組織結構。由於企業組織架構得到了細分，最基層的阿米巴組織也能夠最大限度地發揮公司整體的能量。更重要的是，企業全體員工經過組織劃分後，由於責任細化，他們會萌生一種經營自家企業的意識，工作更加積極主動，從而在公司中傳遞源源不斷的正能量。
阿米巴組織劃分不僅能夠細分工作職能，人盡其才、物盡其用，為企業培養有能力、有企業戰略意識的優秀人才，還能夠讓企業高層實時掌握每個阿米巴組織之間的經營動態，靈活應對市場變化。
阿米巴組織架構的優點主要有：
（1）每個阿米巴組織都有自己的產品和市場，能夠規劃其未來發展，也能靈活自主的適應市場出現的新情況迅速做出反應。
（2）有利於企業管理層擺脫日常行政事務和直接管理具體經營工作的繁雜事務，而成為堅強有力的決策機構，同時又能使各阿米巴領導人發揮經營管理的積極性和創造性，從而提高企業的整體效益。
（3）由於阿米巴組織自成系統，獨立經營，相當於一個完整的小企業，這有利於培養全面管理人才，為企業的未來發展儲備幹部。
（4）阿米巴組織作為利潤中心，需要對阿米巴領導人進行業績考核，評價每個阿米巴組織對公司總利潤的貢獻大小，用以指導企業發展的戰略決策。
（5）按產品維度劃分阿米巴組織，便於組織專業化生產，形成經濟規模，採用專用設備，並能使個人的技術和專業知識在生產和銷售領域得到最大限度地發揮，因而有利於提高勞動生產率和企業經濟效益。
（6）阿米巴組織之間可以有比較、有競爭。由此而增強企業活力，促進企業的全面發展。各阿米巴組織自主經營，責任明確，使得目標管理和自我控制能有效的進行，在這樣的條件下，企業管理層的管理幅度便可以適當擴大。
隨著企業規模的擴大，傳統行政組織架構不可避免的面臨：
溝通成本、協調成本和控制監督成本上升；部門或個人分工的強化使得組織無法取得整體效益的最優；難以對市場需求的快速變化作出迅速反應等問題。
阿米巴組織架構，正是由於傳統行政組織模式難以適應激烈的市場競爭和快速變化環境的要求而出現的。
傳統企業的組織架構圖都是自上往下的矩陣圖，是一種金字塔式的等級制結構。而阿米巴的組織架構圖卻是自下往上的蜂巢圖，由許多個“阿米巴”構成企業的組織基礎，每個阿米巴都是一個獨立的利潤中心。
阿米巴組織架構需要員工打破原有的部門界限，繞過原來的中間管理層次，直接面對顧客和向公司總體目標負責，從而以群體和協作的優勢贏得市場主導地位。從而達到使阿米巴組織變得靈活，敏捷，富有柔性、創造性的目的。
阿米巴組織與通常的行政組織架構相比，阿米巴組織的規模普遍較小，因而靈活多變，不用擔心朝令夕改的命令會傷筋動骨。中國企業規模普遍較小，組織形態與阿米巴有著極大的相似性，非常適宜於引入阿米巴經營模式。
傳統行政組織架構與阿米巴組織架構，兩者表面看上去是組織結構形式不一樣，實質上卻是阿米巴經營哲學與領導學的本質差異。
阿米巴組織的設立、成長、合併和撤銷，有著嚴格的要求和標準。阿米巴經營並不是簡單地劃分組織，阿米巴組織的建立需要能夠隨時、迅速地應對市場的變化。
阿米巴組織與通常的行政組織架構相比，阿米巴組織的規模普遍較小，因而靈活多變，不用擔心朝令夕改的命令會傷筋動骨。阿米巴領導人一旦發現組織暴露出新問題日，就能夠立即發出命令，而現場能夠快速做出反應，高效地執行，推行改進修正的措施。這正是阿米巴經營的優點之一。由無數阿米巴組織構成的企業，就充滿了生機與活力，而且運營效率極高。日本京瓷公司之所以近60年沒有出現過虧損狀況，就緣於其極高的運營效率。
